La sinagoga de Besalú ha estat declarada bé cultural d’interès nacional (BCIN) en la categoria de zona arqueològica pel departament de Cultura de la Generalitat de Catalunya. Es tracta d’un dels pocs conjunts sinagogals que es conserven a Europa en tant bon estat i compten amb una important documentació d'època medieval.
Destaca especialment en el conjunt la ‘micvé’ o banys rituals i de purificació pel seu excel•lent estat de conservació. Els banys eren usats tant per homes com per dones i també s’hi purificaven objectes d’ús personal com vaixelles i estris usats durant la Pesah, la pasqua jueva que commemora l’èxode dels hebreus a Egipte.
Segons els documents històrics, el pati de la sinagoga acostumava a acollir festivals i casaments. A més, el conjunt també disposava d'una escola i una sala d'oració, amb una galeria superior per a les dones separada del lloc per als homes. Aquest espai arqueològic no només tenia usos religiosos sinó que també s'hi celebraven reunions civils.
A més de la Sinagoga de Besalú, el govern també ha declarat bé cultural d’interès nacional la Colònia Borgonyà, a Sant Vicenç de Torelló, i l’església de Santa Maria de Cornudella de Montsant. També s’ha aprovat delimitar l’entorn de protecció dels tres béns.
